Да, последовательность именно такая. Не думаю, что в разделении общего файла WAV на треки могут быть "подводные камни" влияющие на качество. Это просто мой рабочий алгоритм. Вполне возможно, что могут быть какие-то и более удобные инструменты. Основное внимание нужно уделять именно процессам конвертации форматов. Лично я настоятельно рекомендую использовать только упомянутые программы: FLAC Frontend и Monkey's Audio (для форматов FLAC и APE соответственно).
